Pasja według św. Mateusza Bacha, jaką znamy dzisiaj, najwyraźniej miała długą historię sprzed 1727 r. Nie jest jasne, czy praca wykonana w Thomaskirche w Lipsku w Wielki Piątek 1729 r. Była oparta na jeszcze wcześniejszej wersji. W każdym razie zachowana wersja 1729 przedstawia dzieło w formie uderzająco odmiennej od jego późniejszego wcielenia. Na przykład sekcja otwierająca kończy się chorałem „Jesum lass ich nicht von mir”, który został zastąpiony dużym refrenem cantus firmus „O Mensch, bewein dein Sünde Gross” na występ w 1736 roku.
Znana aria altowa „Ach! Nun ist mein Jesus hin ”nadal jest przypisany do basu we wcześniejszej wersji, a aria„ Komm süsses Kreuz ”wzywa na lutnię zamiast późniejszej altówki da gamba. Ponadto utwory na podwójny refren wymagają tylko jednej grupy continuo. Inne różnice można znaleźć w punktacji instrumentalnej i prowadzeniu głosu. Wczesna wersja Pasji według św. Mateusza jest zatem najciekawszym dodatkiem do wielkiego repertuaru koncertowego.
