Powszechnie wiadomo, że Joseph Haydn odprawiał swoje późne msze na zlecenie swojego ostatniego pracodawcy, księcia Mikołaja II Esterhazy. „Harmoniemesse” to ostatnia z tych wysokich mszy, z których wszystkie prawdopodobnie otrzymały swoje pierwsze przedstawienia z okazji imienin księżnej Marii Josephy Hermenegild, żony księcia. Obecne dzieło zostało podane po raz pierwszy 8 września 1802 r. W Bergkirche w Eisenstadt, sam dyrygował Haydn.
Haydn nazwał swoją pracę po prostu „Missa”. Praca zyskała nazwę „Harmoniemesse” ze względu na znaczące elementy nadane instrumentom dętym („Harmonie” to współczesna nazwa zespołu dętego); przydomek powstał dopiero pod koniec XIX wieku.
